Si por alguna razón utilizando alguno de los componentes de gnome (como gnome-settings-daemon en mi caso porque gnome-terminal todavía me gusta) el puntero del mouse no es visible pero aún funcional, entonces lo más probable es que tengas que ejecutar:

dconf write /org/gnome/settings-daemon/plugins/cursor/active false<br />

Este problema se da puesto que Gnome esconde el puntero cuando se detecta algún dispositivo touch¹ (vaya estupidez cuando lo touch no es la pantalla, pero el trackpad). Así pues, es necesario hacer entender al !@#$%&*@# Gnome que no se trata de una !@#$%^ pantalla touch pero de un !@##$%%^ multi-touch trackpad.

  1. https://bugs.archlinux.org/task/34901