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Pegar contenido de dos archivos con paste. Utilizar VIM para sustituir selección de una columna

muammar — Tue, 06 Mar 2012 16:31:53 +0000

Este es otro de esos posts. Sí, esos posts cortos de pequeñas utilidades que he encontrado, que son sencillas de implementar y que muchos deben conocer como muchos otros no deben conocer. Igual, espero que sean de utilidad. Ahora que estoy incursionando en la dinámica cuántica, la cual es una rama muy singular de la mecánica cuántica ya que no solo toma en cuenta la estructura electrónica de moléculas, si no también cómo estas evolucionan con el tiempo… bueno, esto no es una clases de mecánica cuántica . Es necesario generar superficies de energía potencial, lo que implica (Ahora si viene la parte computacional del asunto) hacer unos cuántos cálculos y generar valores para entonces hacer tablas. Bueno, digamos que utilizando grep (awk también y compañía) se pueden sacar los valores necesarios de distancias internucleares (vamos a llamarlos valores de la variable a) y por otro lado, usando de nuevo grep puedo obtener valores de energía (variable b). Entonces, tengo dos archivos con el mismo número de líneas, ¿cómo los pego en un mismo archivo como dos columnas para luego graficar?. Es ahí donde paste viene al rescate. Si suponemos que los archivos se llaman a.txt y b.txt y que a.txt contiene:

2.56168000
2.75065260
2.93962520
3.12859780
3.31757040
3.50654299
3.69551559
3.88448819
4.07346079

y b.txt:

-75.52133959
-75.46050950
-75.40088665
-75.34642198
-75.29927353
-75.25976834
-75.22698494
-75.19963813
-75.17657482

Solo basta con ejecutar:

$ paste a.txt b.txt > data.tab

El contenido de data.tab luce así:

Bien, ahora puedo utilizar Gnuplot o lo que quiera para graficar. Por los momentos no he nombrado a VIM, pero ya vamos a eso.

Ahora, lo anteriormente expresado funciona bastante bien. Pero: ¿Qué tal si quiero ingresar una columna entre los valores de a y b porque quiero hacer una superficie en 3D de una colisión? En castellano, solo agregar una columna de valores fijos en la mitad de a y b. Esto se hace de la siguiente manera. Ejecutamos Ctrl+v en VIM para entrar en modo VISUAL BLOCK. Luego, seleccionamos el espacio donde queremos hacer la sustición utilizando las flechas en el teclado:

Una vez contento con la selección, se pulsa Shift + i para entrar en modo de inserción. A continuación, escribe la cantidad que quieras sustituir en toda esa columna seleccionada, en mi caso, quiero 1.000000. Como quería que el valor 1.00000 estuviera separado de la primera columna, en el modo de inserción solo luego de pulsar Shift + i agregué 6 espacios en blanco, luego escribí el valor (esto lo escribo para recalcar que en esa línea puedes editar lo que quieras) y por último pulsé la tecla ESC.

El resultado es el siguiente:

En este ejemplo es trivial. Pero para que los lectores tengan una idea, una superficie de potenciales para ser aceptable necesita al menos más de 1500 valores, hacer esto a mano (uno por uno) sería simplemente estúpido. Espero que les sea de ayuda.

¿Cómo verificar contenido entre dos directorios?

muammar — Sun, 05 Feb 2012 17:03:12 +0000

En estos últimos dos años, he estado en contacto con varios clusters dentro de la universidad donde hago mis estudios de posgrado. La solución que he escogido para mantener sincronizados mis directorios de trabajo ha sido rsync. Esto, básicamente porque está instalado en todas las estaciones generalmente (cosa que no ocurre con git, que no está siempre instalado).

Sin embargo, a veces he tenido que dejar andando ciertos cálculos por semanas y seguir haciendo trabajos en otros clusters que tienen más hardware por nodo que me son de utilidad. Pero, ¿qué pasa si tengo un directorio centralizado y he borrado ciertos sub directorios en otros clusters y quiero saber cuáles han sido borrados? Aunque parezca básico, es aquí donde diff entró al rescate. (Si alguien conoce otra forma más apropiada, por favor no dude en hacerla saber ). La utilidad está si cuando sincronizas sueles usar la opción –delete en rsync.

Si queremos comparar dos directorios ejecutamos lo siguiente:

diff $DIRECTORIO1 $DIRECTORIO2

Por ejemplo:

muammar@circa:~$ diff hyperion hyperion.21012012/
Subdirectorios comunes: hyperion/elkhatib y hyperion.21012012//elkhatib
Sólo en hyperion.21012012/: homework
Sólo en hyperion.21012012/: old

La salida no necesita explicación. Queda demás decir, que se pueden utilizar las opciones habituales relacionadas al comando diff. Para más información, lee el manual (man diff).

Envolver texto a 80 caracteres en VIM (wrap)

muammar — Wed, 21 Dec 2011 23:36:02 +0000

Este post es también una nota personal (a veces solo lo olvido), parecida al post que hice previamente de apagar el LCD de una laptop desde la consola. En esta oportunidad, esta información es útil cuando tienes un archivo de texto, o tal vez algunos de esos correos en format=flowed (que aparecen en tu cliente como una línea que no tiene final) y quieres crear un párrafo que esté envuelto a 80 caracteres.

Como una imagen vale más que mil palabras, me refiero a este “chorizo” que muestro a continuación:

Lo que tenemos que hacer para envolver ese texto es lo siguiente. Primero, configuramos el wrapping:

:set textwidth=80

Pulsamos la combinación Shift + V (modo Visual Line en VIM para seleccionar texto), y procedemos a “sombrear” las líneas de interés (en mi caso, como pueden ver solo es una, pero vaya línea, ¿no?), y debería lucir como muestro en la próxima figura:

Y por último pulsamos la siguiente combinación de teclas: gq. Esto, trae como consecuencia, que el “chorizo que se mostraba previamente” luzca descentemente:

Et voilà!

PD. ¡Muerte a los que no siguen la netiquette!

Segundo año de la maestría TCCM

muammar — Sun, 11 Sep 2011 12:15:51 +0000

Hace más de un año que comencé con esta aventura de hacer una maestría relacionada a eso que me gusta tanto, la química cuántica. Luego de mudarme de mi país (Venezuela) a Francia, he vivido momentos bastante fuertes, llenos de estrés, divertidos e inolvidables al mismo tiempo. Estudiar en universidades del primer mundo definitivamente no es en nada parecido a estudiar en universidades de Latino América. Pero bien, el motivo de este post no es ese, es simplemente comentar que comienzo el segundo año de la maestría.

El viérnes 09/09 llegué a Valencia para comenzar con la segunda parte de este gran paso que decidí dar. Valencia es una ciudad bastante moderna, si es comparada con Toulouse en donde ya he vivido un año. Me encuentro en la residencia estudiantil Damià Bonet (bastante agradable por cierto). Estaré viviendo un mes por aquí para hacer un curso intensivo internacional en la Universitat de València. Los tópicos a abarcar son bastante amplios. Iremos desde la mecánica molecular, pasando por técnicas avanzadas computacionales, estados excitados, hasta modelización de sistemas biológicos. Veremos que pasa en todo esto.

Por los momentos, me siento bastante contento de tener la oportunidad de tomar todos estos cursos y de haber completado mi primer año de maestría. Seguiré el camino…

¿Nerd?

muammar — Thu, 04 Mar 2010 18:19:14 +0000

Así parece.

Es importante destacar que no hice trampa en reconocer quiénes eran los de las fotos, e incluso con muchas preguntas que aparecen.

Planeta Proyecto Ciencia

muammar — Sun, 07 Feb 2010 03:13:17 +0000

En Proyecto Ciencia estamos por lanzar un Planet. La URL aún no ha sido revelada, y estamos comenzando a hacer llamados a participación¹.
Si estás interesado en salir sindicado en Planeta Proyecto Ciencia, envía a info@proyectociencia.org o muammar@proyectociencia.org la siguiente información:
a) Nombre.
b) URL del Feed.
c) Hackergotchi (opcional)
En la medida de lo posible es importante que los temas estén relacionados con las ciencias, ingeniería o computación. Esperamos que participen
1)http://proyectociencia.org/pipermail/gupy/2010-February/000327.html

Cambios.

muammar — Thu, 07 Jun 2007 21:31:10 +0000

Las pasantías han marcado para mi una temporada o época de cambios y necesidad de cambios. Sentía que me faltaba algo y ya se lo que era. Necesito graduarme. La universidad es una etapa que necesito quemar lo antes posible.
Hoy le envié un mensaje a una amiga, Carmen, solicitando un favor. Y le conteste en un mensaje de texto que yo era lo que era gracias a los Profesores de la Universidad del Zulia y a todos los que siempre han estado conmigo. En verdad siento que de alguna manera me está yendo bién, y que no estoy haciendo el ridículo Este mensaje que le envié a mi amiga es perfecto desde que uno no puede ser un ingrato con aquello que te ha hecho lograr ser lo que eres.
Por otro lado, tampoco sin afán, espero graduarme lo más antes posible. Esto significa que mucho de mi tiempo lo dedicaré a la universidad y haré un cambio rotundo en mis horarios (sin dejar al lado desarrollar para Debian que es algo que disfruto demasiado, y que hago porque quiero)
Uno no se da cuenta de muchas cosas hasta que hace las pasantías, hay un mundo de posibilidades fuera de la universidad. Espero lograr mi meta.